البلاستولا او الحويصلة الجذعية  (Blastocyst)وهي جنين عمره 5-6 أيام ، حيث يتم عزل كتلة الخلايا الداخلية وتنميتها في أوساط مختلفة في المختبر لتكون خطوط خلوية من الخلايا الجذعية الجنينية. وهي تعتبر أفضل انواع الخلايا الجذعية لقدرتها الغير محدودة على التشكل وتكوين جميع انواع الأنسجة.. وأهم مصادرها هي اللقائح الفائضة من عمليات أطفال الأنابيب في مختلف بلاد العالم .. وذلك بتنشيط المبيض لدى المرأة ثم سحب البويضات عن طريق المهبل بواسطة المنظار ثم تلقيح هذه البويضات بالحيوانات المنوية .. يمكن الاحتفاظ  بهذه اللقائح في النيتروجين السائل تحت درجة (-170) درجة مئوية لحين الاستفادة منها.

الخلايا الجذعية من الخلايا الجرثومية الجنينية الأولية في مرحلة العلقة (Embryonic Germ Cells) ، ويتم الحصول عليها من الغدة التناسلية في مناطق تكوين الخصى والمبايض في الجنين المجهض في مرحلة مبكرة من الحمل ، خلال الأربع او خمسة أسابيع من الحمل.

 الأجنة الساقطة في أي مرحلة من مراحل الحمل: حيث يمكن استخلاص الخلايا الجذعية العضوية الجنينية (Fetal Stem Cells) من أعضاء الأجنة كاملة النمو مثل الكبد ، الجهاز الهضمي ، الجهاز التناسلي ، الجلد ، والنخاع العظمي ، وهي أقرب إلى الخلايا البالغة في شكلها وسلوكها.

 الخلايا الجذعية من المشيمة والحبل السري بعد الولادة مباشرة: حيث تحتوي المشيمة والحبل السري الكثير من الخلايا الجذعية متعددة القوى ولكنها أقل قدرة من الخلايا الجذعية الجنينية.

خلايا الأطفال الأصحاء والبالغين في أنسجة معينة: مثل نخاع العظم ، الجلد ، الدهون ، تحت الجلد ، الجهاز الهضمي ، والرئوي ، والكبد ، والجهاز العصبي . وكلما تقدم السن قل عدد هذه الخلايا.

الاستنساخ: من أشهر ما تم انتاجه بهذه الطريقة هو استنساخ النعجة دولي ( الاستنساخ التكاثري). تتم هذه التقنية (Somatic Cell Nuclear Transfer) عن طريق نقل نواة خلية جسدية الى بويضة مفرغة من نواتها ودمجهما بواسطة التحفيز الكيميائي او الصعق الكهربائي في المختبر وتحضينها حتى تبلغ مرحلة البلاستولا التي منها يتم استخراج كتلة الخلايا الداخلية التي تزرع في مزارع خاصة للحصول على النسيج المطلوب ، وهذا ما يسمى بالاستنساخ العلاجي الذي يتبع نفس تقنية الاستنساخ التكاثري ولكن لا يهدف انتاج كائن حي كامل بل الحصول على خلايا جذعية جنينية مستنسخة من المريض لاستخدامها في علاجه حيث أن ميزة هذه التقنية ان الخلية الأولى تؤخذ من نفس الشخص المصاب وبالتالي لا يرفضها الجهاز المناعي ، ولكنها لا تستخدم في علاج الأمراض الوراثية لأن الموروث ينتقل عبر الخلايا المزروعة.